Xử lý thuế đối với mặt hàng ngô hạt nhập khẩu phục vụ dự án đầu tư như thế nào cho đúng?

10:13 | 05/10/2022

(HQ Online) - Liên quan đến việc xác định mặt hàng ngô hạt thuộc loại trong nước đã hay chưa sản xuất được, để cơ quan Hải quan thực thi các quy định của pháp luật trong quá trình xử lý thuế thời gian qua đã gây ra nhiều tranh cãi.

Hàng nhập phục vụ sản xuất của dự án ưu đãi đầu tư có được hoàn thuế nhập khẩu?
Ngô hạt không thuộc đối tượng được miễn thuế nhập khẩu
“Ngô hạt” và “khô dầu đậu nành” không được miễn thuế NK

Quy định, hướng dẫn chưa thống nhất

Cơ quan Hải quan tiếp nhận đề nghị miễn thuế nhập khẩu (NK) đối với 3 nguyên liệu gồm: ngô hạt, khô dầu đậu tương và hạt mỳ theo quy định tại khoản 1 Điều 15 Nghị định 134/2016/NĐ-CP để sản xuất của dự án đầu tư vào lĩnh vực sản xuất thức ăn gia súc, gia cầm và thủy sản của Công ty TNHH Liên doanh Mavin Austfeed tại địa chỉ Cụm công nghiệp Cái Tàu Hạ, xã An Nhơn, huyện Châu Thành, tỉnh Đồng Tháp. Dự án này thuộc ngành nghề ưu đãi đầu tư và thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn theo quy định tại Phụ lục 1, Phụ lục 2 ban hành kèm theo Nghị định 118/2015/NĐ-CP ngày 12/11/2015.

Công chức Chi cục Hải quan Vinh (Nghệ An) hướng dẫn DN làm thủ tục hải quan. 	Ảnh: H.Nụ
Công chức Chi cục Hải quan Vinh (Nghệ An) hướng dẫn DN làm thủ tục hải quan. Ảnh: H.Nụ

Theo quy định tại khoản 13 Điều 16 Luật Thuế XK, thuế NK số 107/2016/QH13, khoản 1 Điều 15 Nghị định 134/2016/NĐ-CP thì “Nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được NK để sản xuất của dự án đầu tư thuộc danh mục ngành, nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn theo quy định của pháp luật về đầu tư, DN công nghệ cao, DN khoa học và công nghệ, tổ chức khoa học và công nghệ được miễn thuế NK trong thời hạn 5 năm, kể từ khi bắt đầu sản xuất”.

Cũng tại khoản 3 Điều 15 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định:“Căn cứ để xác định nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư”; khoản 1 Điều 40 Nghị định 134/2016/NĐ-CP nêu rõ: “Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được làm căn cứ xác định hàng hóa trong nước chưa sản xuất được quy định tại các Điều 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 23, 24, 25 và 28 của Nghị định này”.

Đối chiếu với các quy định trên thì nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được NK để sản xuất của dự án đầu tư theo quy định tại khoản 1 Điều 15 Nghị định 134/2016/NĐ-CP được miễn thuế NK trong thời hạn 5 năm, kể từ khi bắt đầu sản xuất. Việc xác định hàng hóa trong nước đã sản xuất được làm căn cứ xác định hàng hóa trong nước chưa sản xuất được thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

Thực tế, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã ban hành Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được tại các Thông tư 04/2012/TT-BKHĐT ngày 13/8/2012, Thông tư 14/2015/TT-BKHĐT ngày 17/11/2015, Thông tư 01/2018/TT-BKHĐT ngày 30/3/2018 và Thông tư 05/2021/TT-BKHĐT ngày 17/8/2021.

Tuy nhiên, liên quan đến việc xác định mặt hàng ngô hạt thuộc loại trong nước đã hay chưa sản xuất được tại công văn số 1422/BKH-KTCN ngày 8/3/2010 Bộ Kế hoạch và Đầu tư “đề nghị Tổng cục Hải quan (bao gồm cả Cục Hải quan Long An giải quyết mặt hàng NK ngô hạt thuộc loại trong nước đã sản xuất được. Bộ Kế hoạch và Đầu tư sẽ sớm bổ sung mặt hàng này và các sản phẩm nông nghiệp khác dùng làm nguyên liệu, vật tư cho sản xuất công nghiệp vào danh mục nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm trong nước đã sản xuất được”. Chiếu theo công văn của Bộ Kế hoạch và Đầu tư thì mặt hàng ngô hạt NK thuộc loại trong nước đã sản xuất được nên không được miễn thuế NK.

Do chưa thống nhất giữa văn bản hướng dẫn của Bộ Kế hoạch và Đầu tư và quy định tại Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được ban hành kèm theo Thông tư 14/2015/TT-BKHĐT, để xử lý kiến nghị của các DN đối với mặt hàng ngô hạt, ngày 9/5/2019, Tổng cục Hải quan đã có công văn số 1769/TCHQ-TXNK trao đổi ý kiến với Bộ Kế hoạch và Đầu tư để xác định: Mặt hàng ngô hạt thuộc loại trong nước đã hay chưa sản xuất được. Trường hợp xác định là hàng hóa thuộc loại trong nước đã sản xuất được thì thời điểm xác định các mặt hàng này thuộc loại trong nước đã sản xuất được là thời điểm nào? Tổng cục Hải quan cũng đề nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư cập nhật, bổ sung mặt hàng nêu trên vào Danh mục mục máy móc, thiết bị, phụ tùng thay thế, phương tiện vận tải chuyên dùng, nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm trong nước đã sản xuất được để làm căn cứ thực hiện thống nhất.

Vướng mắc kéo dài

Năm 2018, để giải quyết đề nghị, Cục Hải quan Nghệ An đã tiếp nhận danh mục hàng hóa NK miễn thuế số 01/DMMT/2018 ngày 1/2/2018 của Công ty TNHH Mavin Austfeed Nghệ An (là một công ty trong hệ thống của Công ty TNHH Liên doanh Mavin Austfeed) trong đó có mặt hàng ngô hạt trên cơ sở xác định mặt hàng ngô hạt không có tên trong Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được ban hành kèm theo Thông tư 14/2015/TT-BKHĐT ngày 17/11/2015 (nay đã hết hiệu lực) của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

Trong quá trình xử lý thuế theo đề nghị của DN, Cục Hải quan Nghệ An cũng có công văn báo cáo vướng mắc và đề nghị hướng dẫn cụ thể trong việc thực hiện Danh mục miễn thuế đối với mặt hàng ngô hạt NK của dự án đầu tư.

Ngày 31/5/2019, Bộ Kế hoạch và Đầu tư có công văn số 3632/BKHĐT-KTCN trả lời đề nghị từ phía Tổng cục Hải quan. Tại công văn của Bộ Kế hoạch và Đầu tư nêu: “về vấn đề này, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có ý kiến tại công văn số 1422/BKH-KTCN ngày 8/3/2010. Bộ Kế hoạch và Đầu tư đề nghị Tổng cục Hải quan áp dụng thời điểm xác định mặt hàng ngô hạt thuộc loại hàng hóa trong nước đã sản xuất được kể từ ngày 8/3/2010 khi Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành công văn số 1422/BKH-KTCN trên”.

Để xử lý các vướng mắc, Tổng cục Hải quan đã căn cứ các quy định tại Luật Thuế XK, thuế NK; Nghị định 134/2016/NĐ-CP, thẩm quyền được giao về việc xác định nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, ý kiến của Bộ Kế hoạch và Đầu tư tại các công văn số 1422/BKH-KTCN, số 3632/BKHĐT-KTCN về việc xác định mặt hàng ngô hạt thuộc loại trong nước đã sản xuất được từ ngày 8/3/2010. Tổng cục Hải quan đã trả lời, hướng dẫn Cục Hải quan Nghệ An, Cục Hải quan Đồng Tháp và hướng dẫn chung cho các Công ty TNHH thức ăn chăn nuôi đặc khu Hope, Công ty TNHH Mavin Austfeed Nghệ An, đồng thời gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ NN&PTNT (để phối hợp) xử lý đề nghị của DN theo hướng: Mặt hàng ngô hạt NK thuộc loại trong nước đã sản xuất được. Thời điểm xác định mặt hàng ngô hạt thuộc loại trong nước đã sản xuất được kể từ ngày 8/3/2010 (thời điểm Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành công văn số 1422/BKH-KTCN).

Trên cơ sở đó, ngày 29/11/2019, Chi cục Hải quan Vinh (Cục Hải quan Nghệ An) đã ban hành Quyết định số 102/QĐ-HQV ấn định thuế NK theo quy định tại điểm đ khoản 3 Điều 33 Nghị định 83/2013/NĐ-CP đối với mặt hàng ngô hạt của Công ty TNHH Mavin Austfeed Nghệ An đã miễn thuế theo Danh mục được cấp nêu trên với tổng số tiền là 2.555.415.121 đồng (thuế GTGT mặt hàng ngô hạt thuộc đối tượng không chịu thuế do là nguyên liệu thức ăn chăn nuôi).

Việt Nam là nước nông nghiệp nên không có chuyện mặt hàng ngô hạt trong nước lại không sản xuất được. Ảnh: Internet
Việt Nam là nước nông nghiệp nên không có chuyện mặt hàng ngô hạt trong nước lại không sản xuất được. Ảnh: Internet

Tuy nhiên, không đồng ý với quyết định ấn định thuế của cơ quan Hải quan và các văn bản, hướng dẫn của các cơ quan có thẩm quyền, Công ty TNHH Mavin Austfeed Nghệ An đã khởi kiện Chi cục Hải quan Vinh tại phiên Tòa sơ thẩm thuộc Tòa án nhân dân TP Vinh.

Tòa án nhân dân TP Vinh (Nghệ An) đã quyết định chấp nhận yêu cầu khởi kiện của công ty. Đồng thời hủy Quyết định số 102/QĐ-HQV ngày 29/11/2019 của Chi cục Hải quan Vinh về việc ấn định thuế đối với hàng hoá NK của Công ty TNHH Mavin Austfeed Nghệ An.

Lý do Tòa sơ thẩm bác bỏ: Thông tư 14/2015/TT-BKHĐT ngày 17/11/2015 không có tên mặt hàng ngô hạt nên xác định hàng hóa này trong nước chưa sản xuất được. Công văn số 3632/BKHĐT-KTCN ngày 31/5/2019 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư xác định mặt hàng ngô hạt trong nước đã sản xuất được từ ngày 8/3/2010 chỉ là văn bản hành chính, không phải là văn bản quy phạm pháp luật. Mặt khác, cho đến thời điểm Thông tư 01/2018/TT-BKHĐT ngày 30/3/2018 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư thay thế Thông tư 14/2015/TT-BKHĐT cũng chưa bổ sung mặt hàng ngô hạt vào Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được. Ngoài ra, căn cứ quy định tại Luật Quản lý thuế số 78/2006/2006/QH11, Quyết định ấn định đối với mặt hàng ngô hạt không thuộc các trường hợp ấn định thuế. Buộc Chi cục Hải quan Vinh thực hiện nhiệm vụ công vụ theo quy định của pháp luật.

Mặc dù vậy. Cục Hải quan Nghệ An tiếp tục có đơn kháng cáo bản án số 02/2021/HC-ST ngày 15/10/2021 của Tòa án nhân dân TP Vinh đến Tòa án nhân dân tỉnh Nghệ An.

Tại phiên Tòa phúc thẩm, Tòa án nhân dân tỉnh Nghệ An tuyên án giữ nguyên bản án tại Tòa sơ thẩm. Do đó, số tiền thuế NK mà Công ty TNHH Mavin Austfeed Nghệ An đã bị truy thu được Chi cục Hải quan Vinh hoàn trả cho DN theo quyết định của Tòa.

Cần sửa đổi, bổ sung quy định Danh mục

Trước vướng mắc dẫn đến khởi kiện tại Tòa, Tổng cục Hải quan cho rằng, việc xử lý miễn thuế đối với hàng hóa NK của DN (trường hợp cụ thể nêu trên là mặt hàng ngô hạt) không chỉ thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế XNK mà còn liên quan đến các quy định của các bộ, ngành khác (như Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Khoa học và công nghệ, Bộ Thông tin và Truyền thông,....). Trong đó, cơ quan Hải quan là đơn vị thực thi vừa phải đảm bảo thực hiện việc miễn thuế đúng chính sách, đúng quy định tại Luật Thuế XK, thuế NK và văn bản hướng dẫn, đúng đối tượng và đảm bảo thực hiện đúng với các quy định có liên quan của các bộ, ngành đang khiến cho công tác hoạt động nghiệp vụ của cơ quan Hải quan gặp nhiều khó khăn.

Đặc biệt, việc cơ quan Hải quan thực hiện thu thuế đối với mặt hàng ngô hạt trên cơ sở ý kiến đề nghị của Bộ Kế hoạch và Đầu tư là để đảm bảo thực hiện đúng quy định tại Điều 15 Nghị định 134/2016/NĐ-CP (mặt hàng ngô hạt trong nước đã sản xuất được và căn cứ để xác định nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư) và phù hợp với tình hình thực tế (ngô hạt trong nước đã sản xuất được).

Trường hợp đặt ra, nếu cơ quan Hải quan không thực hiện miễn thuế NK mặt hàng ngô hạt thì chưa thực hiện đúng theo văn bản hướng dẫn của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, chưa phù hợp với thực tiễn dẫn đến gây thất thu thuế cho Nhà nước. Ngoài ra, cơ quan Hải quan sẽ gặp phải những phản ánh, kiến nghị không đồng thuận của DN, thậm chí đối mặt với việc DN khởi kiện quyết định thu thuế của cơ quan Hải quan ra toà án hành chính.

Để xử lý dứt điểm vướng mắc này, Tổng cục Hải quan đề nghị các bộ, ngành được Chính phủ giao trách nhiệm trong việc quy định các danh mục hoặc tiêu chí để xác định hàng hoá XNK phục vụ cho các đối tượng miễn thuế tại Điều 16 Luật Thuế XK, thuế NK triển khai theo đúng trách nhiệm được giao để làm căn cứ cho cơ quan Hải quan thực hiện miễn thuế đúng quy định. Đồng thời các bộ, ngành cần thường xuyên rà soát, cập nhật, sửa đổi, bổ sung quy định rõ các mặt hàng trong nước đã sản xuất được vào Danh mục hàng hoá trong nước đã sản xuất được do bộ chủ quản ban hành để làm cơ sở pháp lý, thống nhất trong quá trình thực hiện miễn thuế đối với hàng hoá XNK của cơ quan Hải quan và DN.

Mặt khác, liên quan đến Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư tại Thông tư 05/2021/TT-BKHĐT, Tổng cục Hải quan nhận thấy, hiện nay có một số nội dung quy định tại thông tư này chưa rõ ràng gây vướng mắc, khó khăn cho cơ quan Hải quan và DN trong quá trình thực hiện chính sách thuế. Do vậy, Tổng cục Hải quan cũng đã trình Bộ Tài chính có công văn số 9045/BTC-TCHQ ngày 12/9/2022 đề nghị có hướng dẫn cụ thể.

Tổng cục Hải quan cũng mong muốn các DN XNK hàng hoá chia sẽ những khó khăn, vướng mắc của cơ quan Hải quan trong quá trình thực hiện xử lý thuế đối với hàng hoá XNK thông qua việc trao đổi, phối hợp với bộ chủ quản để phản ánh vướng mắc, khó khăn phát sinh trong thực tế và đề xuất xử lý hoặc tham gia góp ý sửa đổi, bổ sung các văn bản quy phạm pháp luật chưa phù hợp với thực tiễn.

Hiện nay, mặt hàng “ngô hạt đã qua sơ chế tách hạt” (mã HS 1005.90.90) đã được bổ sung vào STT 12 Phụ lục 4 thuộc Danh mục nguyên liệu, vật tư, linh kiện, phụ tùng thay thế trong nước đã sản xuất được ban hành kèm theo Thông tư 05/2021/TT-BKHĐT ngày 17/8/2021 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư (có hiệu lực từ ngày 2/10/2021). Theo đó, kể từ ngày 2/10/2021, mặt hàng “ngô hạt đã qua sơ chế tách hạt” NK để phục vụ dự án đầu tư theo quy định tại khoản 1 Điều 15 Nghị định 134/2016/NĐ-CP phải nộp thuế NK.

Nụ Bùi