- Khối Văn phòng Cục gồm: Văn phòng, Phòng Nghiệp vụ, Đội kiểm soát Hải quan, Đội kiểm soát PC ma túy.

- Các Chi cục Hải quan trực thuộc gồm:

1. Chi cục HQCKQT Tây Trang

- Địa chỉ: Xã Na Ư, huyện Điện Biên, tỉnh Điện Biên.

- Mail: haiquantaytrang@gmail.com

- Số điện thoại thường trực: 02303 926508

2. Chi cục HQCK Ma Lù Thàng

- Địa chỉ: Km0, xã Ma Ly Pho, huyện Phong Thổ, tỉnh Lai Châu

- Mail: Maluthang@gmail.com

- Số điện thoại thường trực: 0946069568

3. Chi cục HQCK Lóng Sập

- Địa chỉ: Bản Phiêng Cài, xã Lóng Sập, huyện Mộc Châu, tỉnh Sơn La

- Mail: hqlongsap@gmail.com

- Số điện thoại thường trực: 0912332390

4. Chi cục Hải quan Sơn La

- Địa chỉ: Số 156 đường Trường Chinh, thành phố Sơn La, tỉnh Sơn La

- Mail: haiquansl@gmail.com

- Số điện thoại thường trực: 02123854003