Từ ngày 1/7/2025, cơ quan thuế địa phương được tổ chức lại thành thuế Tỉnh và Thuế cơ sở đảm bảo đồng bộ với sự sắp xếp của chính quyền địa phương 2 cấp. Theo đó Thuế tỉnh Phú Thọ được hợp nhất từ cơ quan thuế 3 tỉnh gồm: Phú Thọ (cũ), Hòa Bình và Vĩnh Phúc. Đến nay, cơ quan Thuế tỉnh Phú Thọ đã ổn định tổ chức bộ máy theo mô hình mới, đảm bảo bộ máy hoạt động thông suốt và không ảnh hưởng đến hoạt động của người nộp thuế.