Theo PGS, TS Lê Xuân Trường, Trưởng khoa Thuế-Hải quan (Học viện Tài chính), bản chất của thuế khoán là xác định nghĩa vụ thuế dựa trên doanh thu ấn định ước tính. Như vậy, nghĩa vụ thuế không sát với thực tế kinh doanh, có thể cao hơn hoặc thấp hơn doanh thu thực tế. Điều này vô hình trung có thể dẫn đến thất thu thuế và giảm công bằng trong thực hiện nghĩa vụ thuế.

Các chuyên gia cũng cho rằng, áp dụng thuế khoán là xuất phát từ nguyên tắc quản lý thuế, tức là nguyên tắc trọng yếu để việc quản lý thu thuế được thuận tiện hơn. Phương pháp này đã được sử dụng nhiều năm qua. Tuy nhiên, trong bối cảnh kinh tế đang phát triển, chính sách thuế khoán đã bộc lộ nhiều hạn chế, không khuyến khích tính minh bạch trong kê khai doanh thu, tạo kẽ hở để bị lợi dụng nhằm né tránh nghĩa vụ thuế. Việc áp dụng phương pháp thuế khoán cũng gây khó khăn cho cơ quan thuế trong công tác quản lý và giám sát doanh thu thực tế, dẫn đến nguy cơ thất thu ngân sách nhà nước.

Đặc biệt, phương pháp thuế khoán còn tạo ra sự bất bình đẳng, bởi có những hộ kinh doanh doanh thu thực tế cao hơn nhiều so với mức khoán, nhưng vẫn nộp thuế ít hơn so với những hộ kinh doanh có doanh thu thực tế thấp hơn nhưng bị ấn định mức khoán cao. Đây cũng có thể xem là một trong những lý do chính khiến không ít hộ kinh doanh cố tình không “lớn mạnh” để tận dụng chính sách.

Theo ông Mai Sơn, Phó Cục trưởng Cục Thuế (Bộ Tài chính), thời gian qua, chính sách thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh thường được áp dụng theo hình thức thuế khoán đã đạt được yêu cầu mục đích rất nhân văn của Nhà nước. Đó là, khuyến khích và tạo điều kiện tối đa cho người dân có hoạt động sản xuất, kinh doanh nhỏ phát triển để làm giàu cho chính mình và hỗ trợ một bộ phận lao động tự do có công ăn việc làm ổn định. Tuy nhiên hiện nay, kinh tế - xã hội và hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, nhất là kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử đã và đang có những bước tiến, phát triển mạnh mẽ hơn so với kinh doanh truyền thống, đặt ra cho cơ quan quản lý, trong đó có cơ quan thuế những thách thức không nhỏ.

Để quản lý thuế hiệu quả đối với nhóm đối tượng này, Cục Thuế (Bộ Tài chính) đang rà soát, nghiên cứu và đề xuất các giải pháp thúc đẩy, hỗ trợ, khuyến khích hộ kinh doanh chuyển đổi sang mô hình doanh nghiệp, hộ kê khai.

Nhằm cải thiện môi trường đầu tư kinh doanh, khơi thông các nguồn lực, tạo điều kiện thuận lợi cho kinh tế tư nhân phát triển nhanh, bền vững và hiệu quả trong thời gian tới, Quốc hội đã thông qua Nghị quyết 198/2025/QH15 về một số cơ chế, chính sách đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân. Một trong những yêu cầu quan trọng tại Nghị quyết là xóa bỏ hình thức khoán thuế đối với các hộ kinh doanh bắt đầu từ ngày 1/1/2026.

Tuy nhiên, cũng có ý kiến bày tỏ lo ngại, việc xóa bỏ thuế khoán sang áp dụng phương pháp thuế khác sẽ mang lại không ít khó khăn cho hộ, cá nhân kinh doanh, từ đó làm tăng chi phí tuân thủ.

Chị Phạm Thị Hải, một hộ kinh doanh đang nộp thuế khoán tại quận Bắc Từ Liêm - Hà Nội chia sẻ, điều lo lắng nhất khi chuyển đổi mô hình là vấn đề sổ sách kế toán. Hàng năm, theo thông báo của cơ quan thuế, gia đình sẽ nộp một khoản thuế cố định. Nếu nếu bỏ phương pháp thuế khoán chuyển sang phương pháp thuế khác, thì với mức doanh thu hiện tại, có thể hộ kinh doanh của chị không phải nộp số tiền thuế như hiện nay, nhưng lại phải bận tâm hơn tới việc lưu trữ hóa đơn điện tử đầu vào và đầu ra, thuê kế toán …

Lo lắng này của chị Phạm Thị Hải cũng là băn khoăn của rất nhiều hộ, cá nhân kinh doanh hiện nay.

Chuyên gia Nguyễn Văn Được phân tích, hiện có 3 phương pháp nộp thuế là kê khai thuế, nộp thuế theo từng lần phát sinh và thuế khoán. Bỏ thuế khoán, người nộp thuế sẽ phải thực hiện theo phương pháp kê khai, tức là phải thực hiện đầy đủ các quy định về hóa đơn, chứng từ, sổ sách kế toán tại Thông tư 88/2021/TT-BTC. Điều này dễ làm tăng chi phí tuân thủ cho người nộp thuế.

Việc xóa bỏ thuế khoán được xem là mấu chốt để loại bỏ nhận định, đây là vùng “xám” của lĩnh vực thuế. Quan trong hơn sẽ tạo tính minh bạch trong kiểm soát hóa đơn đầu vào, đầu ra của hàng hóa, làm tăng tính trách nhiệm giải trình, kiểm soát và tránh hiện tượng làm giả, làm nhái trong hoạt động sản xuất kinh doanh.

Ở góc độ doanh nghiệp, theo ông Lê Hồng Quang, Tổng giám đốc Công ty cổ phần MISA Việt Nam, áp dụng hóa đơn điện tử có kết nối với máy tính tiền của cơ quan thuế là bước khởi đầu mang tính chiến lược, mở ra cơ hội mới cho sự phát triển của các hộ kinh doanh; đồng thời là nền tảng xây dựng một hệ sinh thái kinh doanh minh bạch và chuyên nghiệp.

Không chỉ mang lại nhiều lợi ích, giúp minh bạch doanh thu, Nghị định 70/2025/NĐ-CP cũng là bước tiến quan trọng giúp các hộ kinh doanh thay đổi tư duy, áp dụng công nghệ để quản lý công việc hiệu quả hơn, tối ưu hóa quy trình và lợi nhuận. Đây cũng được coi là bước đệm tiến tới xóa bỏ thuế khóa, để hộ và cá nhân kinh doanh chuyển sang phương pháp kê khai thuế.

Vừa qua, Bộ Chính trị, Quốc hội đã ban hành 2 nghị quyết quan trọng là Nghị quyết 68-NQ/TW và Nghị quyết 198/QH15 về chủ trương phát triển kinh tế tư nhân, trong đó yêu cầu về xóa bỏ hình thức thuế khoán đối với hộ kinh doanh là quyết sách đúng đắn nhận được sự ủng hộ lớn của xã hội. Với tư cách là đơn vị có nhiều năm đồng hành hỗ trợ các hộ kinh doanh, bà Lê Thị Yến – CEO Công ty TNHH Tư vấn thuế Hà Nội cũng đã có những chia sẻ về vấn đề này.